La parola "Cagnano" deriva dal nome latino della persona più rilevante del luogo, Canius, mentre "Varano" dall'omonimo lago, derivato a sua volta dal tema indeuropeo uer o uor, col significato di acqua.

In origine fu popolata dagli abitanti dell'antica Uria, di cui esistono anche monete con la scritta Uriaton. La tradizione locale ritiene che Uria sia stata sommersa dal mare prima che il golfo si mutasse in lago.                                                          

In età romana fu colonia.  I Normanni la fortificarono e, dal Medioevo, fu assoggettata a vari feudatari. L'insediamento attuale fu costruito dai Saraceni.                                                                

Negli anni Trenta del Novecento fu idroscalo della Marina militare italiana, utilizzato soprattutto durante il secondo conflitto mondiale. Nella seconda metà del Novecento è stata importante per le attività turistiche e per la pesca.